Was macht “den Baum” maskulin oder feminin?

Das ist dasselbe Prinzip, warum es das Messer, die Gabel und der Löffel heißt.

Es gibt nämlich kein solches Prinzip — Genus und Bedeutung haben wenig mitein­ander zu tun. Das einzige, was sie verbindet, ist die Grammatik der Wortbildung: Wenn ein Substantiv mit einem Suffix gebildet wird, dann hat dieses Suffix meist irgendeine Bedeutung (z.B. -ung bildet abstrakte Substantive aus Verben), und es legt auch das Genus fest (alle Wörter auf -ung sind Feminina).

Aber die Baumnamen in Deinem Beispiel enthalten keine Suffixe, sondern bestehen nur aus einem Stamm; Wörter dieses Typs sind meist alt und schon seit Jahrtausen­den in der Sprache. Die Ausnahme dazu ist Ginkgo, und das ist aller Wahrscheinlich­keit ein Lesefehler, weil Ginkyo viel näher am japanischen Namen dran ist und man ein handschriftliches y leicht mit einem g verwechseln kann; aber es ist ein Fremdwort, und Genus bei Fremdwörtern ist sowieso eine undurchschaubare Sache.

In Deinen anderen Fällen ist das Genus weitgehend zufällig, weil etwaige Suffixe, mit denen das Wort vielleicht vor Jahrtausenden noch gebildet wurde, inzwischen durch Lautverschiebungen nicht mehr erkennbar oder sowieso längst nicht mehr in Ge­brauch ist. In solchen Fällen wird das Genus meist einfach beibehalten, obwohl der Grund, weshalb es dem Wort ursprünglich zukam, längst nicht mehr erkennbar ist. Deshalb haben die verschiedenen Bäume heute verschiedenes Genus.

[ Es gibt Sprachen, in denen Genus einer semantischen Gruppe gleichgeschaltet wur­de, unabhängig von der Bildungsweise; so sind im Lateinischen alle Bäume feminin, auch dann, wenn das nicht zur Wortbildung paßt. Solche Beispiele lassen sich auch im Griechischen finden, aber das betrifft nur eine winzige Minderheit aller Wörter einer Sprache — für die meisten gilt immer noch das Prinzip der Wortbildung, das im Lauf der Zeit immer undurchsichtiger und zufälliger aussieht ]

Anhand des Wortes Baum selbst kann ich das genauer erklären, weil Baum relativ jung ist — das Wort existiert in dieser Form nur im Germanischen, ist also vermutlich nur gut zweitausend Jahre alt. Ganz analog gibt es im Englischen beam (das nur sel­ten “Baum” heißt, sondern meist andere gerade Objekte wie Masten oder Licht­strah­len bezeichnet) und im Holländischen boom, und in den skaninavischen Spra­chen gibt es das Wort auch, es sieht aber etwas anders aus, z.B. isländisch baðmur oder go­tisch bagms. Das Wort ist in all diesen Sprachen ein Maskulinum.

Baum besteht aus einer Wurzel mit der Bedeutung “wach­sen, schwellen” (ohne wei­tere Verwandte im Germanischen) plus einem Suffix für Substantivbildung -az. Dieses Suffix ist dasselbe das im La­tei­nischen als -us und im Griechischen als -ος -os auftritt, und das immer masku­lines Ge­schlecht hat. Es hat keine bestimmte Bedeutung, son­dern macht ganz allgemein Substantive:

• Lateinisch honor ‘Ehre’ ⟶ honorus ‘ehrenhaft’
• Lateinisch dīvidĕre ‘teilen, trennen’ ⟶ dividus ‘verschieden’
• Lateinisch vivus ‘lebendig’ + parĕre ‘gebären’ ⟶ viviparus ‘lebendgebärend’
• Griechisch πέκειν ‘scheren’ ⟶ πόκος ‘Wolle’
• Germanisch *gerdaną ‘umgürten, umzäunen’ ⟶ *gardaz ‘Garten’

Solange das Suffix dran ist, erkennt man genau, welches Geschlecht des Wort hat. Aber in den germanischen Sprachen wird typischerweise der Wortanfang betont und das Wortende nur ungenau gesprochen; deshalb fällt das -az der Endung langsam ab, und es bleibt nur der Stamm übrig, dem man das Genus natürlich nicht ansieht.

Als Beispiel dazu betrachten wir die germanischen Verwandten des letzten Beispiels oben, nämlich Garten. Von allen germanischen Sprachen hat nur das Isländische heu­te noch die Endung am Wort kleben (garður, das -r am Wortende ist das alte ger­ma­ni­sche z), in allen anderen besteht das Wort nur noch aus dem Stamm, z.B. dänisch gård, holländisch gaard, englisch yard (der Wechsel g→y ist systematisch, vgl. gelb​→​yellow). Trotzdem ist es in allen die­sen Sprachen maskulin, einfach, weil es das im­mer schon war, seit es erstmals mit dem Suffix -az gebildet wurde. Das gilt natürlich auch fürs Englische — das hat zwar heute kein grammatisches Genus mehr, aber alt­englisch ġeard war auch ein Maskulinum.