Hauptjob/Minijob+Kleingewerbe?

Ich habe einen Hauptjob und einen Minijob, habe allerdings nun ein Nebengewerbe noch eröffnet, wie verläuft sich das mit der Besteuerung, muss ich für meinen Minijob jetzt Steuern Zahlen?

Erstmal bleibt zu sagen: Ein Minijob ist nie steuerfrei. Es ist nur so das oftmals der AG die Pauschalsteuer übernimmt.
Wenn du bisher keine Steuern auf deinen Minijob gezahlt hast, da dein AG dies übernommen hat, so wird dies auch weiterhin der Fall sein und die Einnahmen spielen bei der Einkünfteermittlung keine Rolle.
Rechnet der AG den Minijob über die elektronisch Lohnsteuerabzugsmerkmale ab, so ist dieser wie ein normaler Arbeitslohn zu behandeln.

So wird gerechnet

• Einkünfte aus nichtselbständiger Arbeit = Bruttoarbeitslohn – Werbungskosten
• Einkünfte aus Gewerbebetrieb = Umsatz – Betriebsausgaben
• Einkünfte aus selbstständiger Arbeit = Umsatz – Betriebsausgaben
• Einkünfte aus Vermietung und Verpachtung = Mieteinnahmen – Werbungskosten

Einkünfte aus Gewerbebetrieb + Einkünfte aus nichtselbständiger Arbeit + etwaige weitere Einkünfte = Summe der Einkünfte und vermutlich auch = Gesamtbetrag der Einkünfte

Gesamtbetrag der Einkünfte – Sonderausgaben – außergewöhnliche Belastungen = zu versteuerndes Einkommen

Das zu versteuernde Einkommen bildet dir Grundlage der Belastung mit Einkommensteuer.

Die etwaige vom Arbeitgeber einbehaltene Lohnsteuer wird natürlich auf die Einkommensteuerschuld angerechnet

Oder bleibt alles voneinander unberührt? Mein Chef vom Minijob hat nun Angst das er steuern zahlen muss für mich .

Das tut er sowieso schon
Was ist die “einheitliche Pauschsteuer”? – Minijob-Zentrale

Ist unteranderem auch möglich, dass ich beim Nebenjob aufhöre und ihn einfach stattdessen Rechnungen schreiben ?

Möglich wäre dies, sofern dein Gewerbe (ein Kleingewerbe gibt es nicht) dies zulässt und dein AG das überhaupt will und du damit nicht Gefahr läufst in eine Scheinselbständigkeit zu rutschen. Das Gewerbe müsste um die entsprechenden Tätigkeiten erweitert werden.
Ich persönlich würde mein Angestelltenverhältnis nicht dafür aufgeben um am Ende das gleiche in der gleichen Firma nur auf Rechnung zu machen (Kündigungsschutz ist hier das Stichwort).