Aminosäuren in alpha-Helix?
Hallo zusammen,
darf man dieses L-Alanin in beiden Schreibweisen darstellen?
In einer rechtsgängingen alpha-Helix, zeigt die Seitenkette ja nach außen, wenn L-Aminosäuren verbaut sind. Ist sie beim Menschen deshalb häufiger als die linksgängige Helix, weil im Körper v.a. L-Aminosäuren vorkommen?
Das grau hinterlegte CH3 wäre meine Seitenkette. Ist das richtig so?
Im Körper gibt es nicht vor allem sondern ausschließlich L-Aminosäuren. Und eine räumliche Schreibweise ist nur richtig, wenn sie die L-Form zeigt. Das ist in beiden Darstellungen der Fall.
Vielen Dank für die Antwort. Ich war mir nicht sicher, wei ich die untere Schreibweise noch nicht gesehen habe.
In der Alpha-Helix müssen die Seitenketten ja nach außen zeigen, damit die Helix überhaupt stabil bleibt. So bin ich auf die andere Schreibweise gekommen.
Der Aussage, dass es ausschließlich L-Aminosäuren im Körper gibt, widerspreche ich aber. Mir fallen dazu mehrere Beispiele ein: D-Serin kommt z.B. im zentralen Nervensystem vor und wirkt als Kofaktor am NMDA-Rezeptor, der die Glutamat-Affinität erhöht. Das Enzym, das das L-Serin zum D-Serin umbaut, ist eine Racemase.
okay, dann ist mir diese entgangen. sorry. Aber an Proteinen ist die D-Form nicht beteiligt, oder?
Die untere Schreibweise ist ja genau dasselbe, nur dass statt eines Keils nach vorne eine gestrichelte Linie mit einer Bindung nach hinten abgebildet ist, um die Geometrie zu verdeutlichen. Dreibindig dargestellte Asymmetriezentren finde ich eh unglücklich; warum ist das Wasserstoffatom zur Verdeutlichung nicht mit eingezeichnet?
Ja, das denke ich auch. Man bräuchte ja sonst eine spezielle t-RNA für D-Formen (und welches Codon soll dafür gelten?). Aber ein späterer Ersatz aus der Kette heraus scheint mir schwierig (wozu auch?), bestenfalls eine Isomerisierung. Von einer D-L-Isomerase hätte ich noch nie etwas gehört. Höchstens per Waldenscher Umkehr, wenn am C2 eine SN-Reaktion geschieht, aber dann entsteht sowieso eine andere AS. Nettes Gedankenspielchen…
Der Darstellung bin ich mir indes sicher, die Stereochemie ist eindeutig. Beide kann man sich in die Fischerprojektion gedreht denken (eigentlich wäre das eh die sauberste Darstellung).
Nicht schlimm! In das Protein, das direkt aus den in der DNA codierten Aminosäuren entsteht, werden erst mal keine D-Aminosäuren eingebaut, da hast du Recht. Ich würde aber nicht ausschließen, dass diese nachträglich modifiziert bzw. in manchen Fällen durch D-Aminosäuren ersetzt werden.
Ich denke auch, dass die zweite Aminosäure (farbiges Bild) die gleiche wie die erste darstellt. Wenn man sich gängige Abbildungen von alpha-Helices aus L-Aminosäuren anschaut, sind dieser immer rechtsgängig, damit die Seitenkette nach außen zeigt. Drehbar ist die Bindung ja auch, also müsste es passen.